NAUCZYCIEL I STUDENT
Po odbyciu służby wojskowej w armii niemieckiej, przebywając w okresie działań wojennych na froncie bałkańskim, z dniem 1 listopada 1918 r. rozpoczął pracę nauczycielską w dwuklasowej Szkole Powszechnej w Noskowie k. Jarocina, następnie pracował w 5-klasowej szkole w Chytrowie. W 1919 r. złożył egzamin uzupełniający upoważniający do rozpoczęcia studiów wyższych. Takich uprawnień nie dawało ukończenie seminarium nauczycielskiego.
W latach 1919 - 1924 odbył studia wyższe na Uniwersytecie Poznańskim z zakresu geografii pod kierunkiem prof. dr. Stanisława Pawłowskiego. W 1925 r. uzyskał dyplom ukończenia studiów uprawniających do nauczania w szkołach średnich geografii jako przedmiotu głównego, a fizyki i geologii z mineralogią jako przedmiotów pobocznych.
W trakcie studiów nie rozstał się z zawodem nauczycielskim: od 1 października 1919 r. do 1 listopada 1921 r. uczył w 3-klasowej Szkole Powszechnej im. J. H. Dąbrowskiego w Poznaniu, a następnie, aż do 31 października 1927 r., w Państwowym Gimnazjum im. Piotra Skargi w Szamotułach.

DYREKTOR Z DOKTORATEM
Pismem Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 21 października 1927 r. powołany został na stanowisko dyrektora Państwowego Seminarium Nauczycielskiego w Czarnkowie, które objął z dniem 1 listopada.
Potrafił połączyć obowiązki kierowania szkołą z dalszym dokształcaniem. Niemal natychmiast rozpoczął studia doktoranckie i 13 maja 1929 r. uzyskał stopień naukowy doktora filozofii na Uniwersytecie Poznańskim na podstawie rozprawy pt. „Geneza jezior sierakowskich”, opublikowanej w streszczeniu w „Badaniach Geograficznych UP” w 1929 r. Promotorem jego rozprawy był prof. dr Stanisław Pawłowski, jeden z najwybitniejszych geografów polskich, późniejszy rektor poznańskiej uczelni (1932/33). Warto nadmienić, że Józef Bajerlein był pierwszym doktorem z zakresu geografii promowanym w Instytucie Geograficznym Uniwersytetu Poznańskiego.
DYREKTOR WĄGROWIECKIEJ „SAMARY”
15 maja 1929 r. po niespełna trzech latach odszedł ze stanowiska dyrektora Seminarium Nauczycielskiego w Wągrowcu Czesław Karaśkiewicz. Do 31 stycznia 1930 r. obowiązki dyrektora pełnił nauczyciel Józef Wojnarowski. Kuratorium Okręgu Szkolnego Poznańskiego zdecydowało się na przeniesienie dr. Józefa Bajerleina z Czarnkowa do Wągrowca, co nastąpiło z dniem 1 lutego 1930 r. W dziejach wągrowieckiego zakładu kształcenia nauczycieli, popularnej w środowisku „samary” z nastaniem Józefa Bajerleina nastąpił dynamiczny rozwój i rozkwit na wszystkich odcinkach pracy dydaktyczno-wychowawczej. Grono nauczycielskie wraz z dyrektorem liczyło w tym czasie 14 osób, wśród nich tak znani nauczyciele jak: Tadeusz Nożyński, Bronisław Zieliński, Romuald Kempf, Edmund Romahn, Kazimierz Gorzejowski czy wspomniany Józef Wojnarowski. Józef Bajerlein kierował szkołą do 31 sierpnia 1937 r., tj. do momentu jej likwidacji, a następnie został dyrektorem powołanego w miejsce seminarium Liceum Pedagogicznego.
Warto w tym miejscu wymienić choćby kilka dokonań, które świadczyły o rozwoju i rozkwicie szkoły. Od 1 września 1934 r. rozszerzono szkołę ćwiczeń, integralną część zakładu będącą bazą dla kształcenia przyszłych nauczycieli, do siedmiu klas. Uczyło się w niej 240 uczniów. Dużą wagę przywiązywano do nowoczesności i empirycznego nauczania. W tym celu powstały nowe pracownie przedmiotowe (historyczna, geograficzna, polonistyczna, psychologiczna i pedagogiczna) wyposażone w duży zestaw pomocy naukowych, sprzętu, map, obrazów i okazów. Na koniec roku szkolnego 1932/33 było 12 pracowni. Pomoc praktyczną w nauce przyrody i geografii stanowiły ogródki szkolne i stacja meteorologiczna. Stacja została zainstalowana przez dyrektora w Kobylcu, gdzie na bieżąco prowadzono badania i pomiary.
Dyrektor położył szczególny nacisk na estetykę wewnętrzną sal, porządek i poszanowanie sprzętu, urządzeń i ścian. Sufit w holu, na piętrze i przed aulą wymalowane zostały w piękne kasetony o stylizowanych motywach roślinnych przez artystę malarza Wacława Masłowskiego, przyjaciela dyrektora. Z wyjątkiem parteru kasetony przetrwały do dzisiaj.
Dyrektor zadbał również o stronę duchową młodzieży. W auli wystawiono okazały ołtarz według projektu Adama Ptaka, jednego z nauczycieli szkoły, dłuta artysty rzeźbiarza prof. K. Kościańskiego. Pod względem kompozycyjnym i dekoracyjnym był utrzymany w tonie modernistycznym i przedstawiał Chrystusa - króla, błogosławionego św. Stanisława Kostkę i św. Kazimierza - królewicza, patronów młodzieży. Uroczystość poświęcenia ołtarza odbyła się 13 września 1931 r. We wrześniu 1939 r. Niemcy zajmując budynek szkolny nie oszczędzili tego sacrum.